肛肠疾病是指发生于肛门和大肠部位的疾病，其中发生在肛门直肠肠段最多。常见肛门部疾病有痔疮、肛裂、肛痿、肛周脓肿、肛乳头瘤、肛隐窝炎、化脓性大汗腺炎、肛门狭窄、肛门失禁、肛门湿疣、肛门湿疹、肛门瘙痒症、肛门周围神经性皮炎、肛门接触性皮炎、肛门白化斑、肛门癣、肛门闭锁、肛管炎、耻骨直肠肌综合症、骶尾部畸胎瘤、肛门良性和恶性肿瘤、肛管皮肤缺损、直肠尿道痿、蛲虫病、直肠癌、直肠类癌、直肠息肉、脱肛、直肠前突、直肠炎(溃疡性、放射性、淋菌性、非淋菌性、非特异性等)、克隆氏病、直肠内套叠、肛门直肠损伤和异物、粪嵌塞、肛门直肠神经官能症、孤立性直肠溃疡综合症等十余种。
